{"id":22875,"date":"2021-08-25T05:12:21","date_gmt":"2021-08-25T03:12:21","guid":{"rendered":"https:\/\/mancomun.gal\/a-organizacion-sueca-scilifelab-aposta-polo-software-libre\/"},"modified":"2024-05-02T13:24:29","modified_gmt":"2024-05-02T11:24:29","slug":"a-organizacion-sueca-scilifelab-aposta-polo-software-libre","status":"publish","type":"mncmn-nova","link":"https:\/\/mancomun.gal\/es\/novas\/a-organizacion-sueca-scilifelab-aposta-polo-software-libre\/","title":{"rendered":"A organizaci\u00f3n sueca SciLifeLab, aposta polo software libre"},"content":{"rendered":"\n<p>A Infraestrutura Nacional de Xen\u00f3mica (<a href=\"https:\/\/www.scilifelab.se\/facilities\/ngi\/\">NGI<\/a>) de Suecia desenvolveu unha li\u00f1a de an\u00e1lise de datos xen\u00f3micos e de secuenciaci\u00f3n. A organizaci\u00f3n que a engloba, <a href=\"https:\/\/www.scilifelab.se\/\">SciLifeLab<\/a>, ten unha pol\u00edtica de software libre.<\/p>\n\n\n\n<p><strong>A s\u00faa intenci\u00f3n \u00e9 contribu\u00edr aos proxectos de software libre existentes e desenvolver os seus propios para compartilos.<\/strong><\/p>\n\n\n\n<figure class=\"wp-block-image aligncenter size-large\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" width=\"1024\" height=\"159\" src=\"https:\/\/mancomun.gal\/wp-content\/uploads\/2024\/05\/scilifelab-1024x159.png\" alt=\"\" class=\"wp-image-60349\" srcset=\"https:\/\/mancomun.gal\/wp-content\/uploads\/2024\/05\/scilifelab-1024x159.png 1024w, https:\/\/mancomun.gal\/wp-content\/uploads\/2024\/05\/scilifelab-300x47.png 300w, https:\/\/mancomun.gal\/wp-content\/uploads\/2024\/05\/scilifelab-768x119.png 768w, https:\/\/mancomun.gal\/wp-content\/uploads\/2024\/05\/scilifelab.png 1377w\" sizes=\"auto, (max-width: 1024px) 100vw, 1024px\" \/><\/figure>\n\n\n\n<p>O NGI de Estocolmo \u00e9 un centro de investigaci\u00f3n no campo da xen\u00f3mica. Como parte do SciLifeLab (Science for Life Laboratory, Suecia), seguen unha estrita pol\u00edtica de software libre. Un dos seus proxectos de c\u00f3digo aberto m\u00e1is destacados \u00e9 <a href=\"https:\/\/github.com\/nf-core\/sarek\">Sarek<\/a>, un fluxo de traballo para detectar variaci\u00f3ns no xenoma de calquera especie. Os xenomas identificados tam\u00e9n est\u00e1n dispo\u00f1ibles como datos p\u00fablicos.<\/p>\n\n\n\n<p><strong>SciLifeLab \u00e9 un recurso nacional de co\u00f1ecementos e investigadores en \u00e1reas de biomedicina, ecolox\u00eda e evoluci\u00f3n<\/strong>. O NGI oc\u00fapase principalmente da tecnolox\u00eda para a secuenciaci\u00f3n paralela masiva e o xenotipado e apoia aos investigadores en Suecia con apoio bioinform\u00e1tico.<\/p>\n\n\n\n<p>A xen\u00f3mica \u00e9 o estudo de todos os xenes dunha persoa (o xenoma), inclu\u00eddas as interacci\u00f3ns deses xenes entre si e coa contorna da persoa.<\/p>\n\n\n\n<p><strong>Segundo a pol\u00edtica de software libre de SciLifeLab, os servidores funcionan con c\u00f3digo aberto e o software debe ser liberado baixo unha licenza que fomente a transparencia e a cooperaci\u00f3n na sociedade acad\u00e9mica<\/strong>. Un dos programas inform\u00e1ticos que desenvolveu o IGN \u00e9 Sarek. Anteriormente co\u00f1ec\u00edase co nome de \u00abCancer Analysis Workflow\u00bb (CAW).<\/p>\n\n\n\n<p>Sarek bas\u00e9ase en NextFlow, que permite os fluxos de traballo cient\u00edficos mediante o uso de contedores de software. Sarek detecta variantes en xenomas completos ou outros datos de secuenciaci\u00f3n, tanto na c\u00e9lula que forma o \u00f3vulo, o esperma e o \u00f3vulo fecundado como nas c\u00e9lulas som\u00e1ticas. Realiza un preprocesamento baseado nas mellores pr\u00e1cticas do Genome Analysis Toolkit (GATK), logo identifica as variantes e despois resume a informaci\u00f3n nun informe <a href=\"https:\/\/multiqc.info\/\">MultiQC<\/a>. MultiQC \u00e9 unha ferramenta de visualizaci\u00f3n que resume todos os datos nun informe HTML.<\/p>\n\n\n\n<p>Do mesmo xeito que as pol\u00edticas de software libre sobre o software, os datos de investigaci\u00f3n procesados polo pipeline de Sarek deben ser tratados como dominio p\u00fablico:<br><strong>Na era de FAIR (Findable, Accessible, Interoperable and Reusable) e da ciencia aberta, os conxuntos de datos deben po\u00f1erse ao dispor do p\u00fablico, por exemplo, enviando os seus datos a un repositorio p\u00fablico.<\/strong><\/p>\n\n\n\n<p><a href=\"https:\/\/joinup.ec.europa.eu\/collection\/open-source-observatory-osor\/news\/ngi-stockholm-detects-variants-genomes\">M\u00e1is informaci\u00f3n<\/a><\/p>\n","protected":false},"featured_media":60354,"template":"","categories":[9],"tags":[],"class_list":["post-22875","mncmn-nova","type-mncmn-nova","status-publish","has-post-thumbnail","hentry","category-administracion-publica"],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/mancomun.gal\/es\/wp-json\/wp\/v2\/mncmn-nova\/22875","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/mancomun.gal\/es\/wp-json\/wp\/v2\/mncmn-nova"}],"about":[{"href":"https:\/\/mancomun.gal\/es\/wp-json\/wp\/v2\/types\/mncmn-nova"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/mancomun.gal\/es\/wp-json\/wp\/v2\/media\/60354"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/mancomun.gal\/es\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=22875"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/mancomun.gal\/es\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=22875"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/mancomun.gal\/es\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=22875"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}