{"id":27892,"date":"2021-08-25T05:12:21","date_gmt":"2021-08-25T03:12:21","guid":{"rendered":"https:\/\/mancomun.gal\/la-organizacion-sueca-scilifelab-apuesta-por-el-software-libre\/"},"modified":"2022-09-08T07:45:08","modified_gmt":"2022-09-08T05:45:08","slug":"la-organizacion-sueca-scilifelab-apuesta-por-el-software-libre","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/mancomun.gal\/es\/la-organizacion-sueca-scilifelab-apuesta-por-el-software-libre\/","title":{"rendered":"La organización sueca SciLifeLab, apuesta por el software libre"},"content":{"rendered":"

La Infraestructura Nacional de Gen\u00f3mica (NGI<\/a>) de Suecia desarroll\u00f3 una l\u00ednea de an\u00e1lisis de datos gen\u00f3micos y de secuenciaci\u00f3n. La organizaci\u00f3n que la engloba, SciLifeLab<\/a>, tiene una pol\u00edtica de software libre.<\/p>\n

Su intenci\u00f3n es contribuir a los proyectos de software libre existentes y desarrollar sus propios para compartirlos.<\/strong><\/p>\n

\"\"<\/p>\n

El NGI de Estocolmo es un centro de investigaci\u00f3n en el campo de la gen\u00f3mica. Como parte del SciLifeLab (Science for Life Laboratory, Suecia), siguen una estricta pol\u00edtica de software libre. Uno de sus proyectos de c\u00f3digo abierto m\u00e1s destacados es Sarek<\/a>, un flujo de trabajo para detectar variaciones en el genoma de cualquier especie. Los genomas identificados tambi\u00e9n est\u00e1n disponibles como datos p\u00fablicos.<\/p>\n

SciLifeLab es un recurso nacional de conocimientos e investigadores en \u00e1reas de biomedicina, ecolog\u00eda y evoluci\u00f3n<\/strong>. El NGI se ocupa principalmente de la tecnolog\u00eda para la secuenciaci\u00f3n paralela masiva y el genotipado y apoya a los investigadores en Suecia con apoyo bioinform\u00e1tico.<\/p>\n

La gen\u00f3mica es el estudio de todos los genes de una persona (el genoma), incluidas las interacciones de genes entre s\u00ed y con el entorno de la persona.<\/p>\n

Seg\u00fan la pol\u00edtica de software libre de SciLifeLab, los servidores funcionan con c\u00f3digo abierto y el software debe ser liberado bajo una licencia que fomente la transparencia y la cooperaci\u00f3n en la sociedad acad\u00e9mica<\/strong>. Uno de los programas inform\u00e1ticos que desarroll\u00f3 el NGI es Sarek. Anteriormente se conoc\u00eda con el nombre de \u00abCancer Analysis Workflow\u00bb (CAW).<\/p>\n

Sarek se basa en NextFlow, que permite los flujos de trabajo cient\u00edficos mediante el uso de contenedores de software. Sarek detecta variantes en genomas completos u otros datos de secuenciaci\u00f3n, tanto en la c\u00e9lula que forma el \u00f3vulo, el esperma y el \u00f3vulo fecundado como en las c\u00e9lulas som\u00e1ticas. Realiza un preprocesamiento basado en las mejores pr\u00e1cticas del Genome Analysis Toolkit (GATK), luego identifica las variantes y despu\u00e9s resume la informaci\u00f3n en un informe MultiQC<\/a>. MultiQC es una herramienta de visualizaci\u00f3n que resume todos los datos en un informe HTML.<\/p>\n

Al igual que las pol\u00edticas de software libre sobre el software, los datos de investigaci\u00f3n procesados por el pipeline de Sarek deben ser tratados como dominio p\u00fablico:
\nEn la era de FAIR (Findable, Accessible, Interoperable and Reusable) y de la ciencia abierta, los conjuntos de datos deben ponerse a disposici\u00f3n del p\u00fablico, por ejemplo, enviando sus datos a un repositorio p\u00fablico.<\/strong><\/p>\n

M\u00e1s informaci\u00f3n<\/a><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

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