A bioinformática, segundo unha das súas definicións máis sinxelas, é a aplicación da computación á xestión e á análise de datos biolóxicos. A bioinformática úsase intensivamente, por exemplo, na secuenciación do xenoma humano, e resulta esencial para empregar a información deste xenoma en tentar comprender e curar enfermidades.
Na páxina www.junauza.com podemos ver unha colección de aplicativos libres para GNU/Linux enfocados neste campo do coñecemento. Os programas que se citan nesa páxina son:
Bioclipse
Este proxecto, que está baseado en Java, é unha plataforma visual para a quimioinformática e a bioinformática. Está baseado en Eclipse Rich Client Platform (RCP). Como calquera programa RPC, emprega unha arquitectura de complementos que herda funcionalidades básicas e interfaces visuais de Eclipse, como pode ser o sistema de axuda ou as actualizacións.A primeira versión de Bioclipse inclúe un complemento CDK que proporciona o motor de quimioinformática, un complemento de Jmol para a visualización en 3D, e un complemento BioJava para a análise de secuencias.
BioRails
BioRails é un sistema de xestión de información biolóxica deseñado para ser compatíbel con investigacións biolóxicas non rutineiras, tales como estudos farmacolóxicos. Facilita a captura de datos estruturados para a posterior consulta. Tamén leva integrado un sistema de xestión de contidos para o almacenamento de notas e ficheiros.
UGENE
UGENE é un aplicativo multiplataforma para a bioinformática. Funciona en GNU/Linux, mac e Windows. Ten unha estrutura modular, e case toda a súa funcionalidade provén de complementos.
Algunhas das súas características son:
- Representación visual de ADN ou secuencias de proteínas.
- Visualización de cromatogramas
- Visor 3D para ficheiros nos formatos PDB e MMDB
- Algoritmos de predición de estruturas secundarias de proteínas integrados, baseados en GOR IV e PSIPRED
